رصدت الجبهة المصرية لحقوق الإنسان ثلاثة وفيات فى سجن بدر3 نتيجة للإهمال الطبي خلال أقل من شهرين، وذلك منذ بداية تشغيله ونقل المحتجزين إليه والذي يرجح أنه بديل لسجني العقرب ( شديد الحراسة 1 العقرب و شديد الحراسة العقرب 2 ). هؤلاء الثلاثة هم: السيد محمد عبدالحميد الصيفى، علاء محمد السلمي، ومجدى الشبراوى
كان قد توفى المحتجز السيد محمد عبدالحميد الصيفى (61 عامًا – عامل بمسجد تابع لإدارة أوقاف ههيا ) بتاريخ 5 أكتوبر 2022 بعد ستة أيام فقط من احتجازه بسجن بدر 3 وذلك نتيجة للإهمال الطبى فى حقه، حيث كان مصابًا بسرطان الأمعاء ولم يتلقى الرعاية الطبية اللازمة، وتجاهلت ادارة السجن حالته المتأخرة ولم تأمر بإيداعه أحد المستشفيات المتخصصة. كان قد ألقى القبض على السيد محمد بتاريخ 30 سبتمبر 2022 وحبسه احتياطيًا على ذمة القضية رقم 81 لسنة 2016 جنايات أمن الدولة العليا.
وفي 1 نوفمبر 2022 توفى المحتجز علاء محمد السلمي (47 عامًا) بعد ثمانية أعوام من سجنه على ذمة القضية رقم 610 لسنة 2014 حصر أمن دولة عليا، والمحكوم عليه فيها بالسجن المؤبد فى نفس القضية. وذلك بعد إضرابه المفتوح عن الطعام لمدة شهرين، خسر خلالها عشرات الكيلوغرامات من وزنه، في حين لم يتلقى الرعاية الطبية اللازمة من إدارة السجن، يذكر أن علاء السلمى كان محبوس فى سجن شديدة الحراسة 1 (العقرب ) وكان ممنوع من الزيارة والتريض هناك، وهو ما استمر حتى بعد نقله إلى سجن بدر3.
أما مجدى الشبراوى ( 58 عاما – مدير مكتبة) فتوفي بتاريخ 16 نوفمبر 2022 نتيجة للإهمال الطبي المتعمد حيث لم يلاقي الرعاية الطبية اللازمة رغم كونه مريض بالفشل الكلوي، هذا بالاضافة إلي كونه كان ممنوع من الزيارة والتريض والأدوية منذ بداية حبسه. كانت قد تقدمت أسرته بطلبات أثناء احتجازه في سجن العقرب لعلاجه على نفقتهم الخاصة وعرضه على طبيب متخصص وهو ما قوبل بالرفض من النيابة العامة بزعم وجود مستشفى وصيدلية داخل السجن. يذكر أن الشبراوى محبوس منذ عامين ونصف على ذمة القضية رقم 2985 لسنة 2015 كلى شرق القاهرة، والمعروفة إعلاميا بفض اعتصام رابعة، وصادر ضده حكما بالسجن خمسة عشر عاما، ونقل من سجن شديد الحراسة 1 ( العقرب) الى سجن بدر 3 فى نهاية سبتمبر 2022.