مرصد مقرات قطاع الأمن الوطني هو مشروع يهدف إلى رسم صورة متعمقة للجمهور والمهتمين/ات عن أوضاع الاحتجاز التى يتعرض لها مواطنون/ات في إطار إحتجازهم داخل مقرات قطاع الأمن الوطني. ان الاحتجاز داخل مقار الأمن الوطني هو احتجاز خارج نطاق القانون لأنه لا يكون بقرار من جهة قضائية، ولا تتطرق أي نصوص قانونية لتنظيمه بشكل مباشر، وتتخلله جملة من انتهاكات القوانين التي تنظم الإجراءات القانونية للاحتجاز، مثل التحقيق في غياب محامٍ، وعدم إعلام المحتجز بالتهم الموجهة إليه، أو إعلامه بمكان تواجده، إلخ… كما أنه لا تتوفر فيه أي من الحقوق التي كفلها الدستور والقانون لكل من تصادر حريته من قبل الدولة، حيث يسود مناخ من اللاقانونية الصرفة داخل تلك المقار. كل من يحتجزون داخل مقار الأمن الوطني يكونون في عداد المختفين قسريا والمعزولين عن العالم الخارجي، بل إن بعضهم يقضي فترة اختفائه كاملة داخل المقر دون أن يعلم أين هو، ناهيك عن ذويه.  ولذلك وجب التنويه إلى أن كل ما سيلي ذكره من تفصيل لملابسات الاحتجاز والتحقيق والمعيشة داخل تلك المقار يحدث في إطار من الإخفاء القسري والاحتجاز بخلاف القانون. فمحاولة رسم صورة عن معيشة المحتجزين داخل المقار لا يجب أن تعتبر شكلا من التطبيع مع وجودهم بداخلها في المقام الأول، كما أن الحديث عن أي انتهاكات تتخلل التحقيقات أو المعاملة اليومية لا يجب أن يلفت النظر عن كون التحقيقات وسلطة الضباط وأفراد الشرطة ذاتها على المحتجزين مفتقرة إلى أي صفة قانونية.

تعتمد منهجية المشروع في جمع المعلومات السابقة من مصادر أولية تتمثل في محتجزين/ات سابقين/ات داخل مقرات الأمن الوطني، وتكون المقابلات الشخصية المتعمقة هي الأداة البحثية المستخدمة لجمع المعلومات من تلك المصادر، بالطبع مع الحفاظ بصرامة على سرية هويات المبحوثين/ات وأمانهم/هن الشخصي. يراعي المشروع في اختيار عينة المبحوثين/ات أن تكون متنوعة جندريًا وأن تضم أيضًا عدد من الفئات الأقل تمثيلًا في المجتمع المصري مثل أفراد مجتمع الميم والأقباط ومواطني/مواطنات سيناء وذوي الإعاقة.